Comparison of Dynamics of Extracellular Accesses to the β<sub>1</sub> and β<sub>2</sub> Adrenoceptors Binding Sites Uncovers the Potential of Kinetic Basis of Antagonist Selectivity
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Notice bibliographique
Résumé
From the molecular mechanism of antagonist unbinding in the β(1) and β(2) adrenoceptors investigated by steered molecular dynamics, we attempt to provide further possibilities of ligand subtype and subspecies selectivity. We have simulated unbinding of β(1)-selective Esmolol and β(2)-selective ICI-118551 from both receptors to the extracellular environment and found distinct molecular features of unbinding. By calculating work profiles, we show different preference in antagonist unbinding pathways between the receptors, in particular, perpendicular to the membrane pathway is favourable in the β(1) adrenoceptor, whereas the lateral pathway involving helices 5, 6 and 7 is preferable in the β(2) adrenoceptor. The estimated free energy change of unbinding based on the preferable pathway correlates with the experimental ligand selectivity. We then show that the non-conserved K347 (6.58) appears to facilitate in guiding Esmolol to the extracellular surface via hydrogen bonds in the β(1) adrenoceptor. In contrast, hydrophobic and aromatic interactions dominate in driving ICI-118551 through the easiest pathway in the β(2) adrenoceptor. We show how our study can stimulate design of selective antagonists and discuss other possible molecular reasons of ligand selectivity, involving sequential binding of agonists and glycosylation of the receptor extracellular surface.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle