Population genomics of drug resistance in <i>Candida albicans</i>
Notice bibliographique
Résumé
We followed adaptation in experimental microbial populations to inhibitory concentrations of an antimicrobial drug. The evolution of drug resistance was accompanied in all cases by changes in gene expression that persisted in the absence of the drug; the new patterns of gene expression were constitutive. The changes in gene expression occurred in four replicate populations of the pathogenic fungus Candida albicans during 330 generations of evolution in the presence of the antifungal drug fluconazole. Genome-wide expression profiling of over 5,000 ORFs identified 301 whose expression was significantly modulated. Cluster analysis identified three distinct patterns of gene expression underlying adaptation to the drug. One pattern was unique to one population and included up-regulation of the multidrug ATP-binding cassette transporter gene, CDR2. A second pattern occurred at a late stage of adaptation in three populations; for two of these populations profiled earlier in their evolution, a different pattern was observed at an early stage of adaptation. The succession of early- and late-stage patterns of gene expression, both of which include up-regulation of the multidrug major facilitator transporter gene, MDR1, must represent a common program of adaptation to this antifungal drug. The three patterns of gene expression were also identified in fluconazole-resistant clinical isolates, providing further evidence that these patterns represent common programs of adaptation to fluconazole.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».