Identification and characterization of Shigella boydii 20 serovar nov., a new and emerging Shigella serotype
Notice bibliographique
Résumé
Analysis of 163 putative Shigella isolates from Canada and the USA showed biochemical reactions consistent with Shigella species, although none of the isolates reacted with antiserum raised against any of the well-established or provisional Shigella serotypes. All these isolates, provisionally designated serotype SH108, were positive for the ipaH gene and the invasion-associated locus. All fermented mannitol, were serologically indistinguishable from each other and showed no reaction in antisera prepared against Escherichia coli serotypes O1 to O181. PCR-RFLP analysis of the genes involved in O-antigen synthesis revealed a common pattern among these isolates that was distinct from recognized Shigella serotypes and E. coli. Between 1999 and 2003, isolates from across Canada were submitted to the National Laboratory for Enteric Pathogens for antibiotic susceptibility testing, phage typing and PFGE. These assays revealed heterogeneity among the members of this serotype. Antimicrobial susceptibility testing with seven antibiotics identified six profiles, with 90 % (45/50) of the isolates resistant to four or more antibiotics and 72 % (36/50) resistant to five or more. All isolates were typable using a panel of 16 phages, with 11 different phage types (PTs) represented. The most common PTs found were PT 3 (64 %), PT 6 (10 %) and PT 16 (6 %). Analysis of XbaI-restricted genomic DNA revealed 16 highly related patterns that were not readily distinguishable from those obtained for some other Shigella serotypes. The World Health Organization Collaborating Center for Shigella has added serotype SH108 to the Shigella scheme as S. boydii serotype 20 (serovar nov.). Strain SH108 (isolate 99-4528) is the reference strain for this serotype.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».