Complete genome analysis of a frog virus 3 (FV3) isolate and sequence comparison with isolates of differing levels of virulence
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Frog virus 3 (FV3) is the type species of the genus Ranavirus, and in the past few decades, FV3 infections have resulted in considerable morbidity and mortality in a range of wild and cultivated amphibian species in the Americas, Europe, and Asia. The reasons for the pathogenicity of FV3 are not well understood. FINDINGS: We investigated three FV3 isolates designated SSME, wt-FV3, and aza-Cr, and reported that our wt-FV3 and aza-Cr strains showed similar levels of virulence, while SSME was the least virulent in an in vivo study with Lithiobates pipiens tadpoles. Using 454 GS-FLX sequencing technology, we sequenced SSME and compared it to the published wt-FV3 genome. SSME had multiple amino acid deletions in ORFs 49/50L, 65L, 66L, and 87L, which may explain its reduced virulence. We also investigated repeat regions and found that repeat copy number differed between isolates, with only one group of 3 isolates and 1 pair of isolates being identical at all 3 locations. CONCLUSIONS: In this study we have shown that genetic variability is present between closely related FV3 isolates, both in terms of deletions/insertions, and even more so at select repeat locations. These genomic areas with deletions/insertions may represent regions that affect virulence, and therefore require investigation. Furthermore, we have identified repeat regions that may prove useful in future phylogeographical tracking and identification of ranaviral strains across different environmental regions.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle