Pulsed-Field Gel Electrophoresis Study of <i>Mycobacterium abscessus</i> Isolates Previously Affected by DNA Degradation
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
DNA degradation (which results in a smear pattern) occurs with almost 50% of Mycobacterium abscessus strains during pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). We assessed the potential benefit of using thiourea-containing buffer with M. abscessus by studying 69 isolates not previously typeable by PFGE (i.e., those with a smear pattern). Random (epidemiologically unrelated) isolates that were typeable (no smear pattern) were included as controls. Genomic DNA was digested with DraI, XbaI, and AseI. PFGE gels were run in regular gel buffer with and without 100 muM thiourea. All 69 isolates that generated smear patterns had clear band profiles when the thiourea buffer was used. These isolates were divided into only 30 patterns with DraI, 20 patterns with XbaI, and 20 patterns with AseI. The molecular profiles were all closely or possibly related, and the differences between the isolates ranged from zero to six bands. By multilocus enzyme electrophoresis (MEE), 45 of 53 smear isolates (85%) belonged to two closely related electrophoretic types. These isolates contained at least one enzyme allele seen almost exclusively in this group. Isolates without smear patterns were unaffected by thiourea and produced unrelated PFGE profiles, as well as multiple MEE types. The hsp65 and 16S rRNA gene sequences of the isolates with smear patterns were identical to those of M. abscessus type strain ATCC 19977, which had a nonsmear pattern, suggesting that this clone is a subgroup within M. abscessus. This demonstrates that the inability to type M. abscessus by PFGE is associated with a single clone of organisms.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle