Characterization of the partial RNA1 and RNA2 3′ untranslated region of Tomato ringspot virus isolates from North America
Notice bibliographique
Résumé
The 3′ untranslated regions (UTRs) of RNA1 and RNA2 of Tomato ringspot virus (ToRSV) are 1.3 kb in size and virtually identical. In this study, sequences containing most of the 3′ UTRs (1168–1265 bp) were determined from 18 ToRSV isolates collected from fruit trees, small fruits and grapevines in North America. Pairwise nucleotide sequence comparisons with sequences of two isolates available in GenBank showed identities ranging from 95.1 to 100% for the majority of ToRSV isolates. Most genetic variation occurs as point mutations and single insertions and/or deletions. Phylogenetic analysis showed that 17 of the 20 isolates grouped together into a major cluster and three isolates grouped into two minor clusters, with genetic divergence rates among the three clusters of 11.8% to 23.8%. No correlation was found between the 3′ UTR sequences and symptom expression on Nicotiana benthamiana, host plant or geographic origin of ToRSV isolates. RT-PCR using primers designed within the highly conserved 3′ UTR regions detected all 18 ToRSV isolates as well as two isolates from a vineyard. This assay can serve as a practical methodology for the sensitive detection of varied ToRSV isolates as it is more sensitive than a RT-PCR assay based on previously reported U1/D1 primers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».