Alternative reading frame selection mediated by a tRNA-like domain of an internal ribosome entry site
Notice bibliographique
Résumé
The dicistrovirus intergenic region internal ribosome entry site (IRES) utilizes a unique mechanism, involving P-site tRNA mimicry, to directly assemble 80S ribosomes and initiate translation at a specific non-AUG codon in the ribosomal A site. A subgroup of dicistrovirus genomes contains an additional stem-loop 5'-adjacent to the IRES and a short open reading frame (ORFx) that overlaps the viral structural polyprotein ORF (ORF2) in the +1 reading frame. Using mass spectrometry and extensive mutagenesis, we show that, besides directing ORF2 translation, the Israeli acute paralysis dicistrovirus IRES also directs ORFx translation. The latter is mediated by a UG base pair adjacent to the P-site tRNA-mimicking domain. An ORFx peptide was detected in virus-infected honey bees by multiple reaction monitoring mass spectrometry. Finally, the 5' stem-loop increases IRES activity and may couple translation of the two major ORFs of the virus. This study reveals a novel viral strategy in which a tRNA-like IRES directs precise, initiator Met-tRNA-independent translation of two overlapping ORFs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».