Dynamic Landscapes of Four Histone Modifications during Deetiolation in<i>Arabidopsis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Although landscapes of several histone marks are now available for Arabidopsis thaliana and Oryza sativa, such profiles remain static and do not provide information about dynamic changes of plant epigenomes in response to developmental or environmental cues. Here, we analyzed the effects of light on four histone modifications (acetylation and trimethylation of lysines 9 and 27 on histone H3: H3K9ac, H3K9me3, H3K27ac, and H3K27me3, respectively). Our genome-wide profiling of H3K9ac and H3K27ac revealed that these modifications are nontransposable element gene-specific. By contrast, we found that H3K9me3 and H3K27me3 target nontransposable element genes, but also intergenic regions and transposable elements. Specific light conditions affected the number of modified regions as well as the overall correlation strength between the presence of specific modifications and transcription. Furthermore, we observed that acetylation marks not only ELONGATED HYPOCOTYL5 and HY5-HOMOLOG upon deetiolation, but also their downstream targets. We found that the activation of photosynthetic genes correlates with dynamic acetylation changes in response to light, while H3K27ac and H3K27me3 potentially contribute to light regulation of the gibberellin metabolism. Thus, this work provides a dynamic portrait of the variations in histone modifications in response to the plant's changing light environment and strengthens the concept that histone modifications represent an additional layer of control for light-regulated genes involved in photomorphogenesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».