Conformational studies of vasopressin and mesotocin using NMR spectroscopy and molecular modelling methods. Part II: studies in the SDS micelle
Notice bibliographique
Résumé
There is much evidence to support the hypothesis that lipids play a role in the interaction of peptide hormones with their membrane receptors. This interaction through change of peptide conformation can facilitate the entry of the hormone into the microenvironment of the receptor. In the present study we have examined the interaction of vasopressin and mesotocin with a lipid-sodium dodecylsulfate (SDS) micelle-using 2D nuclear magnetic resonance (NMR) and theoretical methods. Solution structures of two hormones in solution with SDS were established using the nuclear Overhauser effect (NOE) and the (3)J(NHHalpha) couplings. The amino acid sequences of these peptides are: c[C(1)-Y(2)-F(3)-Q(4)-N(5)-C(6)]-P(7)-R(8)-G(9)-NH(2) ([Arg(8)]vasopressin, AVP) and c[C(1)-Y(2)-I(3)-Q(4)-N(5)-C(6)]-P(7)-I(8)-G(9)-NH(2) (MT). Each of the peptides was found to occur as one stable conformation. AVP adopts the cis configuration on the Cys(1)-Tyr(2) peptide bond, a finding not reported so far. The three-dimensional structures of the two peptides studied were determined by a method that consisted of time-averaged molecular dynamics in an explicit SDS micelle with the parm99 force field in AMBER8.0 package. All calculated structures of the studied peptides form beta-turns in their cyclic parts. The C-terminal fragment of MT is bent, whereas that of AVP is extended.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».