Genes differentially expressed under naphthoquinone-producing conditions in the entomopathogenic fungus <i>Ophiocordyceps unilateralis</i>
Notice bibliographique
Résumé
The ant-pathogenic fungus Ophiocordyceps unilateralis BCC1869 produces six naphthoquinone (NQ) derivatives. These NQs can be found in fungal-infected ants or produced in culture. Also, the NQs have antibacterial, anticancer, and antimalarial activities and are red pigments with potential for use as natural colorants. Suppressive subtractive hybridization identified genes that were expressed under NQ-producing conditions but not under nonproducing conditions. On potato dextrose agar, the mycelia produced red pigments and secreted them into the medium and as droplets on top of the colony. High-performance liquid chromatography analysis indicated that the red pigment was predominantly erythrostominone with small amounts of its derivatives. For suppressive subtractive hybridization, the cDNA from O. unilateralis cultures on complete medium agar cultures (lacking NQs) were subtracted from those on potato dextrose agar (which produce and secrete NQs). Sixty-six unique expressed sequence tags (ESTs) were identified and include five transporter genes, two transcriptional regulator genes, and several genes in secondary metabolism and biodegradation. The transporter genes include an ATP-binding cassette transporter gene OuAtr1 and a major facilitator superfamily transporter gene OuMfs1. Expression of selected ESTs was further validated using quantitative reverse transcription PCR. Gene expression result indicates that OuAtr1 and OuMfs1 were dramatically upregulated (136- and 29-fold increase, respectively) during the NQ-producing stage compared with the NQ-nonproducing stage. Upregulation of other genes was also detected. This EST collection represents the first group of genes identified from this potential biocontrol agent and includes candidate genes for production and secretion of the red NQs. Roles of these genes could be further determined using a functional analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».