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Enregistrement W2163230829 · doi:10.1128/jcm.02207-09

Identification of Novel Diagnostic Serum Biomarkers for Chagas' Disease in Asymptomatic Subjects by Mass Spectrometric Profiling

2010· article· en· W2163230829 sur OpenAlexafffund
Momar Ndao, Terry W. Spithill, Rebecca Caffrey, Hongshan Li, Vladimir N. Podust, Régis Périchon, Cynthia Santamaria, Alberto Aché, Mark W. Duncan, Malcolm R. Powell, Brian J. Ward

Notice bibliographique

RevueJournal of Clinical Microbiology · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueTrypanosoma species research and implications
Établissements canadiensMcGill UniversityMcGill University Health Centre
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésAsymptomaticChagas diseaseApolipoprotein A1BiomarkerApolipoprotein BBiomarker discoveryTrypanosoma cruziWestern blotBiologyLipoproteinImmunologyMedicineInternal medicineProteomicsBiochemistryCholesterol

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

More than 10 million people are thought to be infected with Trypanosoma cruzi, primarily in the Americas. The clinical manifestations of Chagas' disease (CD) are variable, but most subjects remain asymptomatic for decades. Only 15 to 30% eventually develop terminal complications. All current diagnostic tests have limitations. New approaches are needed for blood bank screening as well as for improved diagnosis and prognosis. Sera from subjects with asymptomatic CD (n = 131) were compared to those from uninfected controls (n = 164) and subjects with other parasitic diseases (n = 140), using protein array mass spectrometry. To identify biomarkers associated with CD, sera were fractionated by anion-exchange chromatography and bound to two commercial ProteinChip array chemistries: WCX2 and IMAC3. Multiple candidate biomarkers were found in CD sera (3 to 75.4 kDa). Algorithms employing 3 to 5 of these biomarkers achieved up to 100% sensitivity and 98% specificity for CD. The biomarkers most useful for diagnosis were identified and validated. These included MIP1 alpha, C3a anaphylatoxin, and unusually truncated forms of fibronectin, apolipoprotein A1 (ApoA1), and C3. An antipeptide antiserum against the 28.9-kDa C terminus of the fibronectin fragment achieved good specificity (90%) for CD in a Western blot format. We identified full-length ApoA1 (28.1 kDa), the major structural and functional protein component of high-density lipoprotein (HDL), as an important negative biomarker for CD, and relatively little full-length ApoA1 was detected in CD sera. This work provides proof of principle that both platform-dependent (i.e., mass spectrometry-based) and platform-independent (i.e., Western blot) tests can be generated using high-throughput mass profiling.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,025
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,802
Score d'incertitude au seuil0,983

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,025
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,037
Tête enseignante GPT0,394
Écart entre enseignants0,357 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations72
Publié2010
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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