The fecal microbiota of semi-free-ranging wood bison (Bison bison athabascae)
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The intestinal tract harbours a complex and diverse microbial population that is important for health, yet has been poorly described in many species. This study explored the fecal microbiota of semi-free-ranging Wood bison (Bison bison athabascae). RESULTS: A total of 2081936 16S rRNA (V4) sequences from 40 bison were evaluated. CatchAll analysis of richness predicted a mean of 10685 species per sample (range 5428-24764, SD 4136). Diversity was high, with an average inverse Simpson's index of 31.78 (SD 15.3, range 8.55-86.7). Twenty-one different phyla were identified; however, only Firmicutes and Proteobacteria, Actinobacteria accounted for >1% of sequences. Two distinct population clusters (Group A, n = 19 and Group B, n = 21) were evident based on both community membership and population structure. Group A had a significantly lower relative abundance of Actinobacteria (6.4 vs 11.8%, P = 0.002), Chloroflexi (0.002 vs 0.013%, P = 0.014), Gemmatimonadetes (0.007 vs 0.15%, P = 0.038) and Proteobacteria (18.7 vs 42.5%, P = <0.0001) and a greater relative abundance of Firmicutes (70.9 vs 39.3%, P < 0.0001) than Group B. Within Group B, Alphaproteobacteria was the most common class of Proteobacteria (28% of all sequences), while Caulobacteraceae (18.5%), Pseudomonadaceae (3.5%), Hyphomicrobiaceae (3.5%), Alcaligenaceae (3.1%) and Xanthomonadaceae (2.6%) were the most abundant families. The twenty (3.1%) most abundant genera accounted for 71% of sequences. No operational taxon units (OTUs) were found in all samples at a relative abundance of 1% or greater. One OTU (Clostridium cluster XI) was present at 1% or more in all Group A samples, with two other Clostridium cluster XI OTUs in 18/19 (95%) samples. No OTUs were found at that abundance in all Group B sample, but an unclassified Lachnospiraceae was present in 20/21 (95%) and Clostridium cluster XI and Brevundimonas were found in 19 (90%) samples. CONCLUSIONS: The fecal microbiota of Wood bison is rich and diverse. The presence of two distinct populations not associated with housing, age or gender suggest that enterotypes, distinctly different microbial population compositions that can achieve the same ultimate function, might be present in bison, as has been suggested in humans.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».