Molecular properties of the putative nitrogen sensor PII from <i>Arabidopsis thaliana</i>
Notice bibliographique
Résumé
Although the signal sensing protein PII is well known to play a central role in bacterial nitrogen metabolism, the structure and function of PII in plants remains only partially understood. Comparative modeling was undertaken based on the high degree of amino acid identity between Escherichia coli and Arabidopsis PII. The mature Arabidopsis PII predicted structure superimposes very well onto the E. coli PII structure (Calpha root mean square deviation < 0.4 A). The model of the highly conserved T-loop suggests a molecular mechanism by which the plant PII may regulate putative post-translational modification in response to metabolite binding. Consistent with the presence of key conserved residues necessary for trimer formation, gel filtration showed the oligomeric structure of Arabidopsis thaliana PII to be a homotrimer. We have demonstrated that Arabidopsis PII binds to the small molecules, ATP, ADP, 2KG, and with lesser affinity to OAA, using isothermal titration calorimetry. We have determined the metabolite dissociation constants and compared these with known physiological concentrations of these metabolites in the plant to identify the Arabidopsis PII effector molecules and their possible roles. We predict that the plant PII is likely continually bound by ATP, and its ligand-bound state only varying with respect to the degree of 2KG binding. Based on our in vitro binding studies, the function of plant PII as a 2KG sensor is suggested.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».