Chemical synthesis and binding activity of the trypanosomatid cap-4 structure
Notice bibliographique
Résumé
Leishmania and other trypanosomatids are early eukaryotes that possess unusual molecular features, including polycistronic transcription and trans-splicing of pre-mRNAs. The spliced leader RNA (SL RNA) is joined to the 5' end of all mRNAs, thus donating a 5' cap that is characterized by complex modifications. In addition to the conserved m7GTP, linked via a 5'-5'-triphosphate bound to the first nucleoside of the mRNA, the trypanosomatid 5' cap includes 2'-O methylations on the first four ribose moieties and unique base methylations on the first adenine and the fourth uracil, resulting in the cap-4 structure, m7Gpppm3(6,6,2')Apm2'Apm2' Cpm2(3,2')U, as reported elsewhere previously. A library of analogs that mimic the cap structure to different degrees has been synthesized. Their differential affinities to the cap binding proteins make them attractive compounds for studying the molecular basis of cap recognition, and in turn, they may have potential therapeutic significance. The interactions between cap analogs and eIF4E, a cap-binding protein that plays a key role in initiation of translation, can be monitored by measuring intrinsic fluorescence quenching of the tryptophan residues. In the present communication we describe the multistep synthesis of the trypanosomatid cap-4 structure. The 5' terminal mRNA tetranucleotide fragment (pm3(6,6,2')Apm2'Apm2'Cpm2(3,2')U) was synthesized by the phosphoramidite solid phase method. After deprotection and purification, the 5'-phosphorylated tetranucleotide was chemically coupled with m7GDP to yield the cap-4 structure. Biological activity of this newly synthesized compound was confirmed in binding studies with eIF4E from Leishmania that we recently cloned (LeishIF4E-1), using the fluorescence time-synchronized titration method.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».