Potential Role of Group IIC-<i>attC</i>Introns in Integron Cassette Formation
Notice bibliographique
Résumé
Integrons are natural expression vectors in which gene cassettes are integrated downstream of a promoter region by a site-specific recombinase. Gene cassettes usually consist of a single gene followed by a recombination site designated attC. A major unanswered question is how a gene becomes associated with an attC site. Here, we investigate the potential role of a specific lineage of group IIC introns, named group IIC-attC, in cassette formation. Group IIC-attC introns preferentially target attC while retaining the ability to target transcriptional terminators. We show using a PCR-based mobility assay with Escherichia coli that the S.ma.I2 intron from the genome of a clinical isolate of Serratia marcescens can target both attC site and putative terminator motifs of resistance genes. Quantitative results showed that S.ma.I2 is more efficient in targeting various attC sequences than three group IIC-attC introns (54 to 64% sequence identity) from the genomes of environmental isolates. We also show that purified group IIC-attC intron-encoded reverse transcriptases have both RNA-dependent and DNA-dependent DNA polymerase activities in vitro. These data permit us to suggest a new model for gene cassette formation, in which a group IIC-attC intron targets separately a transcriptional terminator adjoining a gene and an isolated attC, joins the gene and the attC by homologous recombination, and then splices and reverse transcribes a gene-attC RNA template, leading to the formation of a cassette.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».