The Auto-Inhibitory Role of the EPAC Hinge Helix as Mapped by NMR
Notice bibliographique
Résumé
The cyclic-AMP binding domain (CBD) is the central regulatory unit of exchange proteins activated by cAMP (EPAC). The CBD maintains EPAC in a state of auto-inhibition in the absence of the allosteric effector, cAMP. When cAMP binds to the CBD such auto-inhibition is released, leading to EPAC activation. It has been shown that a key feature of such cAMP-dependent activation process is the partial destabilization of a structurally conserved hinge helix at the C-terminus of the CBD. However, the role of this helix in auto-inhibition is currently not fully understood. Here we utilize a series of progressive deletion mutants that mimic the hinge helix destabilization caused by cAMP to show that such helix is also a pivotal auto-inhibitory element of apo-EPAC. The effect of the deletion mutations on the auto-inhibitory apo/inactive vs. apo/active equilibrium was evaluated using recently developed NMR chemical shift projection and covariance analysis methods. Our results show that, even in the absence of cAMP, the C-terminal region of the hinge helix is tightly coupled to other conserved allosteric structural elements of the CBD and perturbations that destabilize the hinge helix shift the auto-inhibitory equilibrium toward the apo/active conformations. These findings explain the apparently counterintuitive observation that cAMP binds more tightly to shorter than longer EPAC constructs. These results are relevant for CBDs in general and rationalize why substrates sensitize CBD-containing systems to cAMP. Furthermore, the NMR analyses presented here are expected to be generally useful to quantitatively evaluate how mutations affect conformational equilibria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».