Phylogeny and biogeography of Yellow‐headed and Blue‐fronted Parrots (<i>Amazona ochrocephala</i> and <i>Amazona aestiva</i>) with special reference to the South American taxa
Notice bibliographique
Résumé
The Yellow‐headed Parrot (Amazona ochrocephala) has a broad Neotropical distribution, ranging from Mexico to the Amazon Basin, and a history of complex taxonomy and controversial species limits. Recent molecular analyses have started to clarify the taxonomic arrangement of the complex, but have not included a representative geographical sampling from South America. These studies have shown that the Yellow‐headed complex can be divided into three main lineages, and seems to be paraphyletic, due to the inclusion of the Blue‐fronted Parrot (Amazona aestiva) that occurs in central South America. Here we present a phylogenetic analysis based on mitochondrial DNA sequences of 45 representatives of the Yellow‐headed complex from South and Central America, plus 13 Blue‐fronted individuals from different localities in South America. Our analyses recover the three primary lineages found previously in the Yellow‐headed complex, show that there is genetic structure in the South American lineage, which can be divided into two well‐supported, closely related clades, and demonstrate that Blue‐fronted samples are distributed in both clades. Differentiation of South American Blue‐fronted and Yellow‐headed Parrot populations does not correspond to the plumage differences used to distinguish the Blue‐fronted Parrot from the Yellow‐headed Parrot, nor to plumage differences used to distinguish among South American Yellow‐headed subspecies. This suggests that traditional taxonomy based on plumage characters needs revision, and that this may be an interesting example of ongoing divergence‐with‐gene‐flow related to the forest/open area ecotone in southern Amazonia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».