Tn5 transposition in Escherichia coli is repressed by Hfq and activated by over-expression of the small non-coding RNA SgrS
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Hfq functions in post-transcriptional gene regulation in a wide range of bacteria, usually by promoting base pairing of mRNAs with trans-encoded sRNAs. It was previously shown that Hfq down-regulates Tn10 transposition by inhibiting IS10 transposase expression at the post-transcriptional level. This provided the first example of Hfq playing a role in DNA transposition and led us to ask if a related transposon, Tn5, is similarly regulated. RESULTS: We show that Hfq strongly suppresses Tn5 transposition in Escherichia coli by inhibiting IS50 transposase expression. However, in contrast to the situation for Tn10, Hfq primarily inhibits IS50 transposase transcription. As Hfq does not typically function directly in transcription, we searched for a transcription factor that also down-regulated IS50 transposase transcription and is itself under Hfq control. We show that Crp (cyclic AMP receptor protein) fits these criteria as: (1) disruption of the crp gene led to an increase in IS50 transposase expression and the magnitude of this increase was comparable to that observed for an hfq disruption; and (2) Crp expression decreased in hfq (-) . We also demonstrate that IS50 transposase expression and Tn5 transposition are induced by over-expression of the sRNA SgrS and link this response to glucose limitation. CONCLUSIONS: Tn5 transposition is negatively regulated by Hfq primarily through inhibition of IS50 transposase transcription. Preliminary results support the possibility that this regulation is mediated through Crp. We also provide evidence that glucose limitation activates IS50 transposase transcription and transposition.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».