Phylogenetic characterization of the bacterial assemblage associated with mucous secretions of the hydrothermal vent polychaete Paralvinella palmiformis
Notice bibliographique
Résumé
As part of an ongoing examination of microbial diversity associated with hydrothermal vent polychaetes of the family Alvinellidae, we undertook a culture-independent molecular analysis of the bacterial assemblage associated with mucous secretions of the Northeastern Pacific vent polychaete Paralvinella palmiformis. Using a molecular 16S rDNA-based phylogenetic approach, clone libraries were constructed from two samples collected from active sulfide edifices in two hydrothermal vent fields. In both cases, clone libraries were largely dominated by epsilon-Proteobacteria. Phylotypes belonging to the Cytophaga-Flavobacteria and to the Verrucomicrobia were also largely represented within the libraries. The remaining sequences were related to the taxonomic groups Fusobacteria, Green non-sulfur bacteria, Firmicutes, gamma- and delta-Proteobacteria. To our knowledge, this is the first report of the presence of Verrucomicrobia, Fusobacteria and green non-sulfur bacteria on hydrothermal edifices. The potential functions of the detected bacteria are discussed in terms of productivity, recycling of organic matter and detoxification within the P. palmiformis microhabitat.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».