Fluctuations in histone H4 isoforms during cellular reprogramming monitored by middle‐down proteomics
Notice bibliographique
Résumé
Cellular reprogramming remodels the gene expression program by re-setting the epigenome of somatic cells into an embryonic-like pluripotent state. Post-translational modifications of histones play an important role in this process. Previously, we found by ChIP-seq widespread changes of specific histone H3 marks in two divergent reprogramming routes leading to alternative pluripotent sates . Here, using an unbiased middle-down proteomics approach we have identified 72 unique isoforms of histone H4 and quantified 56 of them in the same set of samples. We found substantial differences between somatic and late-phase reprogramming cells. Also, ESCs and iPSCs displayed higher levels of H4 acetylation and tri-methylation concomitantly with lower levels of mono- and di-methylation when compared to cells undergoing reprogramming. Our data shows that the epigenetic remodeling induced by the reprogramming process goes beyond histone H3 and reveals the importance of H4 modifications as well. The presented data is a valuable resource to study the epigenetic mechanisms involved in the acquisition of induced pluripotency. All MS data have been deposited in the ProteomeXchange with identifier PXD002062 (http://proteomecentral.proteomexchange.org/dataset/PXD002062).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».