Retroviral vector silencing during iPS cell induction: An epigenetic beacon that signals distinct pluripotent states
Notice bibliographique
Résumé
Retroviral vectors are transcriptionally silent in pluripotent stem cells. This feature has been potently applied in studies that reprogram somatic cells into induced pluripotent stem (iPS) cells. By delivering the four Yamanaka factors in retroviral vectors, high expression is obtained in fibroblasts to induce the pluripotent state. Partial reprogramming generates Class I iPS cells that express the viral transgenes and endogenous pluripotency genes. Full-reprogramming in Class II iPS cells silences the vectors as the endogenous genes maintain the pluripotent state. Thus, retroviral vector silencing serves as a beacon marking the fully reprogrammed pluripotent state. Here we review known silencer elements, and the histone modifying and DNA methylation pathways, that silence retroviral and lentiviral vectors in pluripotent stem cells. Both retroviral and lentiviral vectors are influenced by position effects and often exhibit variegated expression. The best vector designs facilitate full-reprogramming and subsequent retroviral silencing, which is required for directed-differentiation. Current retroviral reprogramming methods can be immediately applied to create patient-specific iPS cell models of human disease, however, future clinical applications will require novel chemical or other reprogramming methods that reduce or eliminate the integrated vector copy number load. Nevertheless, retroviral vectors will continue to play an important role in genetically correcting patient iPS cell models. We anticipate that novel pluripotent-specific reporter vectors will select for isolation of high quality human iPS cell lines, and select against undifferentiated pluripotent cells during regenerative medicine to prevent teratoma formation after transplantation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».