Comparison of substrate specificity of the ubiquitin ligases Nedd4 and Nedd4‐2 using proteome arrays
Notice bibliographique
Résumé
Target recognition by the ubiquitin system is mediated by E3 ubiquitin ligases. Nedd4 family members are E3 ligases comprised of a C2 domain, 2-4 WW domains that bind PY motifs (L/PPxY) and a ubiquitin ligase HECT domain. The nine Nedd4 family proteins in mammals include two close relatives: Nedd4 (Nedd4-1) and Nedd4L (Nedd4-2), but their global substrate recognition or differences in substrate specificity are unknown. We performed in vitro ubiquitylation and binding assays of human Nedd4-1 and Nedd4-2, and rat-Nedd4-1, using protein microarrays spotted with approximately 8200 human proteins. Top hits (substrates) for the ubiquitylation and binding assays mostly contain PY motifs. Although several substrates were recognized by both Nedd4-1 and Nedd4-2, others were specific to only one, with several Tyr kinases preferred by Nedd4-1 and some ion channels by Nedd4-2; this was subsequently validated in vivo. Accordingly, Nedd4-1 knockdown or knockout in cells led to sustained signalling via some of its substrate Tyr kinases (e.g. FGFR), suggesting Nedd4-1 suppresses their signalling. These results demonstrate the feasibility of identifying substrates and deciphering substrate specificity of mammalian E3 ligases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».