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Enregistrement W2165094560 · doi:10.1111/j.1096-0031.2008.00229.x

Is ACCTRAN better than DELTRAN?

2008· letter· en· W2165094560 sur OpenAlexfundno aff
Ingi Agnarsson, Jeremy A. Miller

Notice bibliographique

RevueCladistics · 2008
Typeletter
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Phylogenetic Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesJavna Agencija za Raziskovalno Dejavnost RSKillam Trusts
Mots-clésCharacter (mathematics)Phylogenetic treeCharacter evolutionFeature (linguistics)Transformation (genetics)Tree (set theory)MathematicsEvolutionary biologyArtificial intelligenceComputer scienceBiologyAlgorithmCombinatoricsGeneticsCladePhilosophy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

When parsimony ancestral character reconstruction is ambiguous, it is often resolved in favour of the more complex character state. Hence, secondary loss (secondary "absence") of a complex feature is favoured over parallel gains of that feature as this preserves the stronger hypothesis of homology. We believe that such asymmetry in character state complexity is important information for understanding character evolution in general. However, we here point out an inappropriate link that is commonly made between this approach and the accelerated transformation (ACCTRAN) algorithm. In ACCTRAN, changes are assigned along branches of a phylogenetic tree as close to the root as possible. This has been taken to imply that ACCTRAN will minimize hypotheses of parallel origins of complex traits and thus that ACCTRAN is philosophically better justified than the alternatives, such as delayed transformation (DELTRAN), where changes are assigned along branches as close to the tips as possible. We provide simple examples to show that such views are mistaken and that neither ACCTRAN nor DELTRAN consistently minimize parallel gain of complex traits. We therefore do not see theoretical grounds for favouring the popular ACCTRAN algorithm. © The Willi Hennig Society 2008.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,014
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,068
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: Commentaire
Score de désaccord entre enseignants0,014
Score d'incertitude au seuil0,075

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0140,068
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0020,005
Communication savante0,0030,006
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0090,011
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0090,010

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,236
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations140
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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