The structure and location of SIMP/STT3B account for its prominent imprint on the MHC I immunopeptidome
Notice bibliographique
Résumé
Proteins show drastic discrepancies in their contribution to the collection of self-peptides that shape the repertoire of CD8 T cells (MHC I self-immunopeptidome). To decipher why selected proteins are the foremost sources of MHC I-associated self-peptides, we chose to study SIMP/STT3B because this protein generates very high amounts of MHC I-associated peptides in mice and humans. We show that the endoplasmic reticulum (ER)-associated degradation pathway and MHC I processing intersect at SIMP/STT3B. Relevant key features of SIMP/STT3B are its lysine-rich region, its propensity to misfold and its location in the ER membrane in close proximity to the immunoproteasome. Moreover, we show that coupling to SIMP/STT3B can be used to foster MHC I presentation of a selected peptide, here the ovalbumin peptide SIINFEKL. These data yield novel insights into relations between the cell proteome and the MHC I immunopeptidome. They suggest that the contribution of a given protein to the MHC I immunopeptidome results from the interplay of at least three factors: the presence of degrons (degradation signals), the tendency of the protein to misfold and its subcellular localization. Furthermore, they indicate that substrates of the ER-associated degradation pathway may have a prominent imprint on the MHC I self-immunopeptidome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».