A teleost in vitro reporter gene assay to screen for agonists of the peroxisome proliferator-activated receptors
Notice bibliographique
Résumé
Several contaminants detected in aquatic ecosystems are agonists of peroxisome proliferator-activated receptors (PPARs). Peroxisome proliferator-activated receptors interact with the retinoid X receptor (RXR) to activate the transcription of genes that control a variety of physiological functions. We cloned and sequenced partial cDNA fragments of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) PPARalpha and PPARbeta from rainbow trout (rt) gill-W1 cells, a cell line derived from rainbow trout gills; predicted amino acid identities are 77% and 82% compared with their respective human homologs and 83 to 88% and 91 to 98% identical to fish homologs. A reporter gene assay was developed by transfecting rt-gill-W1 cells with a reporter gene construct containing the peroxisome proliferator response element (PPRE) of the rat liver 3-ketoacyl-CoA thiolase B (TB) gene, which drives luciferase expression. Agonists of both PPARalpha (WY14,643 and gemfibrozil) and PPARbeta (bezafibrate) induced luciferase activity, while rosiglitazone, a PPARgamma agonist, was not effective. The fibrate drug, bezafibrate increased luciferase activity in a dose-dependent manner, but addition of 50 nM 9-cis-retinoic acid to the transfected rt-gill-W1 cell culture maximized the sensitivity of the assay so that bezafibrate could be detected at concentrations as low as 6 nM. Extracts from treated domestic wastewater containing fibrate drugs induced luciferase activity in the transfected gill cells. This in vitro reporter gene assay shows promise as a rapid and sensitive technique for screening environmental samples for PPAR-active substances.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».