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Enregistrement W2165213798 · doi:10.1136/jmedgenet-2011-100544

<i>NOTCH2</i> mutations in Alagille syndrome

2011· article· en· W2165213798 sur OpenAlexaff
Binita M. Kamath, Robert C. Bauer, Kathleen M. Loomes, Grace F. Chao, Jennifer Gerfen, Anne Hutchinson, Winita Hardikar, Gideon M. Hirschfield, Paloma Jara, Ian D. Krantz, Pablo Lapunzina, Laura D. Leonard, Simon Ling, Vicky L. Ng, P. Le Hoang, David A. Piccoli, Nancy B. Spinner

Notice bibliographique

RevueJournal of Medical Genetics · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePediatric Hepatobiliary Diseases and Treatments
Établissements canadiensSickKids FoundationHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases
Mots-clésJAG1Alagille syndromeMissense mutationPenetranceNotch signaling pathwayMutationBiologyGeneticsCancer researchPhenotypeEndocrinologyReceptorCholestasisGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Alagille syndrome (ALGS) is a dominant, multisystem disorder caused by mutations in the Jagged1 (JAG1) ligand in 94% of patients, and in the NOTCH2 receptor in <1%. There are only two NOTCH2 families reported to date. This study hypothesised that additional NOTCH2 mutations would be present in patients with clinical features of ALGS without a JAG1 mutation. METHODS: The study screened a cohort of JAG1-negative individuals with clinical features suggestive or diagnostic of ALGS for NOTCH2 mutations. RESULTS: Eight individuals with novel NOTCH2 mutations (six missense, one splicing, and one non-sense mutation) were identified. Three of these patients met classic criteria for ALGS and five patients only had a subset of features. The mutations were distributed across the extracellular (N=5) and intracellular domains (N=3) of the protein. Functional analysis of four missense, one nonsense, and one splicing mutation demonstrated decreased Notch signalling of these proteins. Subjects with NOTCH2 mutations demonstrated highly variable expressivity of the affected systems, as with JAG1 individuals. Liver involvement was universal in NOTCH2 probands and they had a similar prevalence of ophthalmologic and renal anomalies to JAG1 patients. There was a trend towards less cardiac involvement in the NOTCH2 group (60% vs 100% in JAG1). NOTCH2 (+) probands exhibited a significantly decreased penetrance of vertebral abnormalities (10%) and facial features (20%) when compared to the JAG1 (+) cohort. CONCLUSIONS: This work confirms the importance of NOTCH2 as a second disease gene in ALGS and expands the repertoire of the NOTCH2 related disease phenotype.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,298
Écart entre enseignants0,265 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations219
Publié2011
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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