The crystal structure of the AF2331 protein from <i>Archaeoglobus fulgidus</i> DSM 4304 forms an unusual interdigitated dimer with a new type of α + β fold
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
The structure of AF2331, a 11-kDa orphan protein of unknown function from Archaeoglobus fulgidus, was solved by Se-Met MAD to 2.4 A resolution. The structure consists of an alpha + beta fold formed by an unusual homodimer, where the two core beta-sheets are interdigitated, containing strands alternating from both subunits. The decrease in solvent-accessible surface area upon dimerization is unusually large (3960 A(2)) for a protein of its size. The percentage of the total surface area buried in the interface (41.1%) is one of the largest observed in a nonredundant set of homodimers in the PDB and is above the mean for nearly all other types of homo-oligomers. AF2331 has no sequence homologs, and no structure similar to AF2331 could be found in the PDB using the CE, TM-align, DALI, or SSM packages. The protein has been identified in Pfam 23.0 as the archetype of a new superfamily and is topologically dissimilar to all other proteins with the "3-Layer (BBA) Sandwich" fold in CATH. Therefore, we propose that AF2331 forms a novel alpha + beta fold. AF2331 contains multiple negatively charged surface clusters and is located on the same operon as the basic protein AF2330. We hypothesize that AF2331 and AF2330 may form a charge-stabilized complex in vivo, though the role of the negatively charged surface clusters is not clear.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle