Genetic characterization of northeastern Italian population isolates in the context of broader European genetic diversity
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Notice bibliographique
Résumé
Population genetic studies on European populations have highlighted Italy as one of genetically most diverse regions. This is possibly due to the country's complex demographic history and large variability in terrain throughout the territory. This is the reason why Italy is enriched for population isolates, Sardinia being the best-known example. As the population isolates have a great potential in disease-causing genetic variants identification, we aimed to genetically characterize a region from northeastern Italy, which is known for isolated communities. Total of 1310 samples, collected from six geographically isolated villages, were genotyped at >145000 single-nucleotide polymorphism positions. Newly genotyped data were analyzed jointly with the available genome-wide data sets of individuals of European descent, including several population isolates. Despite the linguistic differences and geographical isolation the village populations still show the greatest genetic similarity to other Italian samples. The genetic isolation and small effective population size of the village populations is manifested by higher levels of genomic homozygosity and elevated linkage disequilibrium. These estimates become even more striking when the detected substructure is taken into account. The observed level of genetic isolation in Friuli-Venezia Giulia region is more extreme according to several measures of isolation compared with Sardinians, French Basques and northern Finns, thus proving the status of an isolate.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle