Novel regions of amplification on 8q distinct from the MYC locus and frequently altered in oral dysplasia and cancer
Notice bibliographique
Résumé
Genetic studies aimed at identifying key alterations in oral cancers have focused on analysis of tumors, with few such studies using early oral premalignant lesions (OPLs) because of limitations in both sample availability and size. In this study, we used a randomly amplified polymorphic DNA (RAPD)-PCR approach to fingerprint DNA from microdissected normal and dysplastic cells and identified two recurrent genetic alterations on the long arm of chromosome 8 in OPLs, one mapping to 8q22 and the other to 8q24 near the MYC locus. We constructed a high-resolution bacterial artificial chromosome (BAC) comparative genomic hybridization array consisting of 166 overlapping BAC clones that spans about 52 Mbp, from 8q21 to 8q24. Hybridization of DNA from microdissected oral tumors to the array revealed alteration at 8q24, with amplification of the BAC containing MYC. Strikingly, at least two other novel regions of amplification at 8q22 were identified. Microsatellite analysis of 93 oral dysplasias and tumors confirmed the presence of one of the alterations at 8q22. Loss of heterozygosity (LOH) at D8S1830, mapping within one of the regions of amplification, was observed in high frequency in both OPLs and tumors. Of the 37 cases with LOH at D8S1830, 23 (62%) showed retention at D8S1793, which maps 1.6 Mbp centromeric to MYC. This is further support for the alteration at 8q22 being distinct from MYC. These data raise the possibility of additional oncogenes on 8q near the MYC locus that are potentially involved in OPL disease progression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».