Microarray analysis of polychlorinated biphenyl mixture–induced changes in gene expression among Atlantic tomcod populations displaying differential sensitivity to halogenated aromatic hydrocarbons
Notice bibliographique
Résumé
Several populations of fishes inhabiting contaminated Atlantic Coast estuaries exhibit resistance to early life-stage (ELS) toxicities induced by halogenated aromatic hydrocarbons such as coplanar polychlorinated biphenyls (PCBs). These toxicities include mortality, circulatory failure, edema, and craniofacial malformations. The mechanisms behind resistance to halogenated aromatic hydrocarbon toxicity in these populations are unknown. First and second generation Atlantic tomcod Microgadus tomcod embryos derived from the Hudson River ([HR]; New York, USA) population are highly resistant to PCB-induced cytochrome P4501A (CYP1A) expression and ELS toxicity when compared to embryos of Miramichi River ([MR]; New Brunswick, Canada) and Shinnecock Bay ([SB]; New York, USA) origin. The present study sought to identify novel genes involved in population differences in response to PCB exposure using custom microarrays. Microarray probes consisted of unsequenced inserts of randomly picked clones from a tomcod cardiac cDNA library. Tomcod embryos from three populations (HR, MR, and SB) were exposed to two doses of an environmentally relevant mixture of coplanar PCBs and screened for dose- and population-specific patterns of gene expression. Clones displaying significant differences between populations exposed to the high dose of PCBs were identified by DNA sequencing. Of the 28 identified nonribosomal protein clones, none displayed expression patterns highly similar to CYP1A (altered in MR and SB, but not in HR). However, several transcripts representing biomarkers of cardiomyopathy in mammals (cardiac troponin T2, cathepsin L, and atrial natriuretic peptide) were differentially altered among the three tomcod populations by PCBs. Although the present study did not identify any novel genes associated with PCB resistance in tomcod, several potential molecular biomarkers of PCB exposure were revealed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».