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Enregistrement W2165637029 · doi:10.1093/hmg/ddr341

A variant OSR1 allele which disturbs OSR1 mRNA expression in renal progenitor cells is associated with reduction of newborn kidney size and function

2011· article· en· W2165637029 sur OpenAlexafffundabout
Zhao Zhang, Diana M. Iglesias, Nicoletta Eliopoulos, Reyhan El Kares, LeeLee Chu, Paola Romagnani, Paul Goodyer

Notice bibliographique

RevueHuman Molecular Genetics · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRenal and related cancers
Établissements canadiensJewish General HospitalMontreal Children's HospitalMcGill University
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésBiologyAlleleKidneyProgenitor cellInternal medicineEndocrinologyUreteric budMolecular biologyKidney developmentStem cellGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Human nephrons are formed during fetal life through an interaction between the branching ureteric bud and progenitor cells. The wide variation in final nephron number has been attributed to allelic variants of genes regulating ureteric bud arborization. Here, we hypothesize that dysfunctional variants of the Odd-Skipped Related 1 (OSR1) gene which compromise the renal progenitor cell pool might also limit newborn kidney size and function. We show that OSR1 is expressed in human mesenchymal stem cells, the blastemal component of Wilms tumors and CD24+/CD133+ progenitor cells isolated from the mature kidney. We identified an OSR1(rs12329305(T)) allele in 6% of normal Caucasians which alters an exon2 splice enhancer. This variant is predicted to reduce spliceosome-binding affinity and stability of the OSR1 mRNA. In cultured cells, the OSR1(rs12329305)(T) allele produced no identifiable transcript. Normal Caucasian newborns from Montreal with the OSR1(rs12329305)(T) allele had kidney volume 11.8% smaller (P= 0.006) and cord blood cystatin C levels 12.6% higher (P = 0.005) than those with wild-type genotype. Effects of the OSR1(rs12329305)(T) allele are additive with genes that alter ureteric bud branching. Kidney volume was reduced more in newborns bearing both RET(rs1800860)(A) and OSR1(rs12329305)(T) alleles (22%, P= 0.0008) and cystatin C was increased by 17% (P= 0.006) versus newborns with wild-type alleles. Although only two subjects had PAX2(rs11599825)(A) and OSR1(rs12329305)(T) alleles, kidney size was reduced by 27% and cystatin C was increased by 14% versus wild-types (P= NS).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,012
Score d'incertitude au seuil0,739

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,204
Écart entre enseignants0,196 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations51
Publié2011
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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