<i>Cis-</i>regulatory Mutations in the <i>Caenorhabditis elegans</i> Homeobox Gene Locus <i>cog-1</i> Affect Neuronal Development
Notice bibliographique
Résumé
We apply here comparative genome hybridization as a novel tool to identify the molecular lesion in two Caenorhabditis elegans mutant strains that affect a neuronal cell fate decision. The phenotype of the mutant strains resembles those of the loss-of-function alleles of the cog-1 homeobox gene, an inducer of the fate of the gustatory neuron ASER. We find that both lesions map to the cis-regulatory control region of cog-1 and affect a phylogenetically conserved binding site for the C2H2 zinc-finger transcription factor CHE-1, a previously known regulator of cog-1 expression in ASER. Identification of this CHE-1-binding site as a critical regulator of cog-1 expression in the ASER in vivo represents one of the rare demonstrations of the in vivo relevance of an experimentally determined or predicted transcription-factor-binding site. Aside from the mutationally defined CHE-1-binding site, cog-1 contains a second, functional CHE-1-binding site, which in isolation is sufficient to drive reporter gene expression in the ASER but in an in vivo context is apparently insufficient for promoting appropriate ASER expression. The cis-regulatory control regions of other ASE-expressed genes also contain ASE motifs that can promote ASE neuron expression when isolated from their genomic context, but appear to depend on multiple ASE motifs in their normal genomic context. The multiplicity of cis-regulatory elements may ensure the robustness of gene expression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».