Random amplified polymorphic DNA variability among geographic isolates of western gall rust fungus in Canada
Notice bibliographique
Résumé
Geographic variability among western gall rust (WGR) fungus (Endocronartium harknessii (J.P. Moore) Y. Hiratsuka) was studied by random amplified polymorphic DNA (RAPD). Samples were taken from lodgepole pine (Pinus contorta Dougl. ex Loud. var. latifolia Engelm.) host at four locations in British Columbia and Alberta and from jack pine (Pinus banksiana Lamb.) host at nine locations in Alberta, Saskatchewan, Manitoba, and Ontario. Of 90 random oligonucleotide primers screened, 9 were chosen for analysis. These nine primers consistently amplified 41 sharp and reproducible RAPDs (fragments) of the WGR fungal isolates over several independent runs. Eighteen of the 41 RAPDs were polymorphic (showing the presence of both marker and null phenotypes), of which 15 could discriminate WGR isolates of lodgepole pine hosts from jack pine ones. Of these 15 RAPDs, five were unique to isolates of lodgepole and five to jack pine. The remaining five RAPDs were significantly heterogeneous in the RAPD frequency between WGR isolates of the two host origins. The RAPD pattern of WGR isolates from lodgepole pine was uniform. However, isolates from jack pine differed significantly in the frequency of four RAPDs among locations, with an east-west trend of decreasing similarity in RAPD. Analysis of molecular variance apportioned 76.3, 14.4, and 9.3% of the total RAPD variability to differences among hosts, to differences among locations within hosts, and to differences within locations, respectively. The large differentiation between WGR fungal isolates sampled in lodgepole pine and jack pine hosts might suggest that selective pressure for host specificity in sampled populations was strong.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».