The Rhodomonas salina mitochondrial genome: bacteria-like operons, compact gene arrangement and complex repeat region
Notice bibliographique
Résumé
To gain insight into the mitochondrial genome structure and gene content of a putatively ancestral group of eukaryotes, the cryptophytes, we sequenced the complete mitochondrial DNA of Rhodomonas salina. The 48 063 bp circular-mapping molecule codes for 2 rRNAs, 27 tRNAs and 40 proteins including 23 components of oxidative phosphorylation, 15 ribosomal proteins and two subunits of tat translocase. One potential protein (ORF161) is without assigned function. Only two introns occur in the genome; both are present within cox1 belong to group II and contain RT open reading frames. Primitive genome features include bacteria-like rRNAs and tRNAs, ribosomal protein genes organized in large clusters resembling bacterial operons and the presence of the otherwise rare genes such as rps1 and tatA. The highly compact gene organization contrasts with the presence of a 4.7 kb long, repeat-containing intergenic region. Repeat motifs approximately 40-700 bp long occur up to 31 times, forming a complex repeat structure. Tandem repeats are the major arrangement but the region also includes a large, approximately 3 kb, inverted repeat and several potentially stable approximately 40-80 bp long hairpin structures. We provide evidence that the large repeat region is involved in replication and transcription initiation, predict a promoter motif that occurs in three locations and discuss two likely scenarios of how this highly structured repeat region might have evolved.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».