Rapid evolutionary divergence of Gossypium barbadense and G. hirsutum mitochondrial genomes
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The mitochondrial genome from upland cotton, G. hirsutum, was previously sequenced. To elucidate the evolution of mitochondrial genomic diversity within a single genus, we sequenced the mitochondrial genome from Sea Island cotton (Gossypium barbadense L.). METHODS: Mitochondrial DNA from week-old etiolated seedlings was extracted from isolated organelles using discontinuous sucrose density gradient method. Mitochondrial genome was sequenced with Solexa using paired-end, 90 bp read. The clean reads were assembled into contigs using ABySS and finished via additional fosmid and BAC sequencing. Finally, the genome was annotated and analyzed using different softwares. RESULTS: The G. barbadense (Sea Island cotton) mitochondrial genome was fully sequenced (677,434-bp) and compared to the mitogenome of upland cotton. The G. barbadense mitochondrial DNA contains seven more genes than that of upland cotton, with a total of 40 protein coding genes (excluding possible pseudogenes), 6 rRNA genes, and 29 tRNA genes. Of these 75 genes, atp1, mttB, nad4, nad9, rrn5, rrn18, and trnD(GTC)-cp were each represented by two identical copies. A single 64 kb repeat was largely responsible for the 9 % difference in genome size between the two mtDNAs. Comparison of genome structures between the two mitochondrial genomes revealed 8 rearranged syntenic regions and several large repeats. The largest repeat was missing from the master chromosome in G. hirsutum. Both mitochondrial genomes contain a duplicated copy of rps3 (rps3-2) in conjunction with a duplication of repeated sequences. Phylogenetic and divergence considerations suggest that a 544-bp fragment of rps3 was transferred to the nuclear genome shortly after divergence of the A- and D- genome diploid cottons. CONCLUSION: These results highlight the insights to the evolution of structural variation between Sea Island and upland cotton mitochondrial genomes.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle