Comparison of Strain Typing Results for Clostridium difficile Isolates from North America
Notice bibliographique
Résumé
Accurate strain typing is critical for understanding the changing epidemiology of Clostridium difficile infections. We typed 350 isolates of toxigenic C. difficile from 2008 to 2009 from seven laboratories in the United States and Canada. Typing was performed by PCR-ribotyping, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), and restriction endonuclease analysis (REA) of whole-cell DNA. The Cepheid Xpert C. difficile test for presumptive identification of 027/NAP1/BI isolates was also tested directly on original stool samples. Of 350 isolates, 244 (70%) were known PCR ribotypes, 224 (68%) were 1 of 8 common REA groups, and 187 (54%) were known PFGE types. Eighty-four isolates typed as 027, NAP1, and BI, and 83 of these were identified as presumptive 027/NAP1/BI by Xpert C. difficile. Eight additional isolates were called presumptive 027/NAP1/BI by Xpert C. difficile, of which three were ribotype 027. Five PCR ribotypes contained multiple REA groups, and three North American pulsed-field (NAP) profiles contained both multiple REA groups and PCR ribotypes. There was modest concordance of results among the three methods for C. difficile strains, including the J strain (ribotype 001 and PFGE NAP2), the toxin A-negative 017 strain (PFGE NAP9 and REA type CF), the 078 animal strain (PFGE NAP7 and REA type BK), and type 106 (PFGE NAP11 and REA type DH). PCR-ribotyping, REA, and PFGE provide different but overlapping patterns of strain clustering. Unlike the other methods, the Xpert C. difficile 027/NAP1/BI assay gave results directly from stool specimens, required only 45 min to complete, but was limited to detection of a single strain type.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».