MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2166691146 · doi:10.1007/s00018-008-8303-z

Dynamic protein methylation in chromatin biology

2008· review· en· W2166691146 sur OpenAlexfundno aff
Stanley S. Ng, Wyatt W. Yue, Udo Oppermann, Robert J. Klose

Notice bibliographique

RevueCellular and Molecular Life Sciences · 2008
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer-related gene regulation
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesKnut och Alice Wallenbergs StiftelseKarolinska InstitutetStiftelsen för Strategisk ForskningOntario Genomics InstituteOntario GenomicsGenome CanadaOntario Innovation TrustWellcome TrustGlaxoSmithKline
Mots-clésHistone methylationEpigenomicsBiologyEpigeneticsHistone methyltransferaseHistone codeHistoneChromatinGeneticsChromatin remodelingEZH2MethylationDNA methylationComputational biologyCell biologyNucleosomeDNAGeneGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Since histones were first discovered over one hundred years ago a great deal has been learned about the structure and function of these small basic proteins [ 1 ]. Importantly, histone molecules interact to form a scaffolding unit capable of compacting DNA within the relatively small confines of the nucleus [ 2 ]. Compaction is achieved by wrapping DNA around a globular histone octamer composed of a tetramer of histone H3/H4 and two dimers of H2A/H2B. Together, this DNA-protein structure is called a nucleosome and forms the basic repeated unit of chromatin. This classical view of chromatin as a simple structural entity has recently been superseded by a wide body of evidence demonstrating that nucleosome deposition, subunit composition, and post-translational modification can profoundly affect how chromatin function is regulated. For example, nucleosome placement over defined regulatory elements can impact how transcription factors recognize DNA and regulate transcription [ 3 ], incorporation of histone variants into the octamer can define how the nucleosome functions [ 4 ], and post-translational modification of histone tails can act as nucleation sites for factors involved in chromatin regulation and metabolism [ 5 , 6 ].

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,002
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,004

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,300
Écart entre enseignants0,283 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations210
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueCellular and Molecular Life SciencesMême sujetCancer-related gene regulationTravaux en français237 207