MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2166976283 · doi:10.1002/ajmg.a.32776

Novel exon 1 mutations in <i>MECP2</i> implicate isoform MeCP2_e1 in classical Rett syndrome

2009· article· en· W2166976283 sur OpenAlexaff
Carol Saunders, Berge E. Minassian, Eva W.C. Chow, Weiwei Zhao, John B. Vincent

Notice bibliographique

RevueAmerican Journal of Medical Genetics Part A · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetics and Neurodevelopmental Disorders
Établissements canadiensUniversity of TorontoCentre for Addiction and Mental HealthHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésExonMECP2Rett syndromeFrameshift mutationGeneticsMissense mutationBiologyMutationGene isoformExon trappingPhenotypeGeneMolecular biologyAlternative splicing

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Rett syndrome (RTT) is a neurodevelopmental disorder caused by mutations in the X-linked MECP2 gene. Recently, a new MeCP2 isoform was described, MeCP2_e1, which skips exon 2 and has an alternative N-terminus, translated from exon 1, whereas MeCP2_e2 is translated from a start codon in exon 2. Since the incorporation of exon 1 into standard sequencing protocols for RTT, few exon 1 mutations have been described and are thus assumed to be only rare causes of RTT. Also, studies have suggested that the frameshift mutations identified in exon 1 affect both isoforms. Our aim in this study was to assess the frequency of mutations in exon 1, their relationship to phenotype, and the implications on the etiological role for the isoform MeCP2_e1 in RTT, versus the previously described isoform, MeCP2_e2. We sequenced MECP2 in 51 females with various clinical presentations, including developmental delay, autism, atypical and classical RTT, referred to our laboratories for testing. In patients with identified mutations, X-chromosome inactivation was analyzed. We identified four patients with exon 1 mutations; three were novel (c.1A > T; c.1A > G; c.5C > T), two of which affected the start codon, one a missense change, and one patient had a previously reported splice site mutation, c.62 + 1delGT. The four patients fit criteria for classical RTT, and thus these findings add support to previous reports that exon 1 mutations may be associated with a severe phenotype. Also, these findings add significant weight to the mounting evidence suggesting that the MeCP2_e1 isoform is the etiologically relevant form of the protein.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,882
Score d'incertitude au seuil0,724

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,272
Écart entre enseignants0,261 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations53
Publié2009
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueAmerican Journal of Medical Genetics Part AMême sujetGenetics and Neurodevelopmental DisordersTravaux en français237 207