The Epstein-Barr virus latent membrane protein-1 (LMP1) 30-bp deletion and XhoI-polymorphism in nasopharyngeal carcinoma: a meta-analysis of observational studies
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Epstein-Barr virus (EBV) is considered to be closely associated with nasopharyngeal carcinoma (NPC), in which EBV-encoded latent membrane protein 1 (LMP1) was found to have an oncogenic role. However, the results published on the LMP1 polymorphism are inconsistent. In the present study, we performed a meta-analysis to determine the frequency of the associations and a more precise association between NPC and EBV LMP1 gene variants (30-bp deletion (del)/XhoI-loss). METHODS: Eligible articles met the inclusion/exclusion criteria and were identified in the following electronic databases: PubMed, ScienceDirect, and SciELO. Consequently, the data of interest were extracted and plotted in a table to calculate the frequency and odds ratio (OR) of the outcomes of interest (30-bp del-LMP1/XhoI-loss) in patients with NPC. Study quality (Newcastle-Ottawa Scale (NOS)), publication bias, and heterogeneity were assessed. RESULTS: Thirty-one observational studies were included with a total of 2,846 individuals (NPC, n = 1,855; control, n = 991). The risk of bias in relation to study quality evaluated by NOS was considered low. The pooled estimate of the frequency of 30-bp del-LMP1 and XhoI-loss in patients with NPC was 77% (95% confidence interval (CI): 72 to 82) and 82% (95% CI: 71 to 92), respectively. There was an association between 30-bp del-LMP1 and NPC susceptibility (OR = 2.86, 95% CI: 1.35 to 6.07, P = 0.00). Similarly, there was an association between XhoI-loss and NPC (OR = 8.5, 95% CI: 1.7 to 41, P = 0.00). However, when we analyze the co-existence of the 30-bp del-LMP1 and XhoI-loss in patients with NPC, there was no association (OR = 1.09, 95% CI: 0.06 to 18.79, P = 0.002). CONCLUSIONS: Our results suggest an association between the 30-bp del-LMP1 and XhoI-loss with NPC susceptibility. However, our data should be interpreted with caution because the sample size was small, and there was heterogeneity between the studies. Thus, future studies are needed with adjusted estimates to simultaneously evaluate multiple factors involved in the development of NPC. SYSTEMATIC REVIEW REGISTRATION: PROSPERO CRD42014013496 .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,017 | 0,025 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,013 | 0,040 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».