Comparison of the genome sequences of non-pathogenic and pathogenic African swine fever virus isolates
Notice bibliographique
Résumé
The genomic coding sequences, apart from the inverted terminal repeats and cross-links, have been determined for two African swine fever virus (ASFV) isolates from the same virus genotype, a non-pathogenic isolate from Portugal, OURT88/3, and a highly pathogenic isolate from West Africa, Benin 97/1. These genome sequences were annotated and compared with that of a tissue culture-adapted isolate, BA71V. The genomes range in length between 170 and 182 kbp and encode between 151 and 157 open reading frames (ORFs). Compared to the Benin 97/1 isolate, the OURT88/3 and BA71V isolates have deletions of 8-10 kbp that encode six copies of the multigene family (MGF) 360 and either one MGF 505/530 copy in the BA71V or two copies in the OURT88/3 isolate. The BA71V isolate has a deletion, close to the right end of the genome, of 3 kbp compared with the other isolates. The five ORFs in this region include an additional copy of an ORF similar to that encoding the p22 virus structural protein. The OURT88/3 isolate has interruptions in ORFs that encode a CD2-like and a C-type lectin protein. Variation between the genomes is observed in the number of copies of five different MGFs. The 109 non-duplicated ORFs conserved in the three genomes encode proteins involved in virus replication, virus assembly and modulation of the host's defences. These results provide information concerning the genetic variability of African swine fever virus isolates that differ in pathogenicity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».