Private rare deletions in SEC16A and MAMDC4 may represent novel pathogenic variants in familial axial spondyloarthritis
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Axial spondyloarthritis (AxSpA) represents a group of inflammatory axial diseases that share common clinical and histopathological manifestations. Ankylosing spondylitis (AS) is the best characterised subset of AxSpA, and its genetic basis has been extensively investigated. Given that genome-wide association studies account for only 25% of AS heritability, the objective of this study was to discover rare, highly penetrant genetic variants in AxSpA pathogenesis using a well-characterised, multigenerational family. METHODS: HLA-B*27 genotyping and exome sequencing was performed on DNA collected from available family members. Variant frequency was assessed by mining publically available datasets and using fragment analysis of unrelated AxSpA cases and unaffected controls. Gene expression was performed by qPCR, and protein expression was assessed by western blot analysis and immunofluorescence microscopy using patient-derived B-cell lines. Circular dichroism spectroscopy was performed to assess the impact of discovered variants on secondary structure. RESULTS: This is the first report identifying two rare private familial variants in a multigenerational AxSpA family, an in-frame SEC16A deletion and an out-of-frame MAMDC4 deletion. Evidence suggests the causative mechanism for SEC16A appears to be a conformational change induced by deletion of three highly conserved amino acids from the intrinsically disordered Sec16A N-terminus and RNA-mediated decay for MAMDC4. CONCLUSIONS: The results suggest that it is the presence of rare syntenic SEC16A and MAMDC4 deletions that increases susceptibility to AxSpA in family members who carry the HLA-B*27 allele.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».