Density Functional Theory for Protein Transfer Free Energy
Notice bibliographique
Résumé
We cast the problem of protein transfer free energy within the formalism of density functional theory (DFT), treating the protein as a source of external potential that acts upon the solvent. Solvent excluded volume, solvent-accessible surface area, and temperature dependence of the transfer free energy all emerge naturally within this formalism, and may be compared with simplified "back of the envelope" models, which are also developed here. Depletion contributions to osmolyte induced stability range from 5 to 10 kBT for typical protein lengths. The general DFT transfer theory developed here may be simplified to reproduce a Langmuir isotherm condensation mechanism on the protein surface in the limits of short-ranged interactions, and dilute solute. Extending the equation of state to higher solute densities results in non-monotonic behavior of the free energy driving protein or polymer collapse. Effective interaction potentials between protein backbone or side chains and TMAO are obtained, assuming a simple backbone/side chain two-bead model for the protein with an effective 6-12 potential with the osmolyte. The transfer free energy δg shows significant entropy: d(δg)/dT ≈ 20 kB for a 100-residue protein. The application of DFT to effective solvent forces for use in implicit-solvent molecular dynamics is also developed. The simplest DFT expressions for implicit-solvent forces contain both depletion interactions and an "impeded-solvation" repulsive force at larger distances.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».