Characterizing the citrus cultivar Carrizo genome through 454 shotgun sequencing
Notice bibliographique
Résumé
The citrus cultivar Carrizo is the single most important rootstock to the US citrus industry and has resistance or tolerance to a number of major citrus diseases, including citrus tristeza virus, foot rot, and Huanglongbing (HLB, citrus greening). A Carrizo genomic sequence database providing approximately 3.5×genome coverage (haploid genome size approximately 367 Mb) was populated through 454 GS FLX shotgun sequencing. Analysis of the repetitive DNA fraction indicated a total interspersed repeat fraction of 36.5%. Assembly and characterization of abundant citrus Ty3/gypsy elements revealed a novel type of element containing open reading frames encoding a viral RNA-silencing suppressor protein (RNA binding protein, rbp) and a plant cytokinin riboside 5′-monophosphate phosphoribohydrolase-related protein (LONELY GUY, log). Similar gypsy elements were identified in the Populus trichocarpa genome. Gene-coding region analysis indicated that 24.4% of the nonrepetitive reads contained genic regions. The depth of genome coverage was sufficient to allow accurate assembly of constituent genes, including a putative phloem-expressed gene. The development of the Carrizo database (http://citrus.pw.usda.gov/) will contribute to characterization of agronomically significant loci and provide a publicly available genomic resource to the citrus research community.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».