Quantum study of mutational effect in binding of efavirenz to HIV‐1 RT
Notice bibliographique
Résumé
Full quantum mechanical computational study has been carried out to study binding of efavirenz (EFZ), a second generation FDA approved nonnucleoside inhibitor, to HIV-1 reverse transcriptase (RT) and its K103N and Y181C mutants using the MFCC (molecular fractionation with conjugate caps) method. The binding interaction energies between EFZ and each protein fragment are calculated using a combination of HF/3-21G, B3LYP/6-31G* and MP2/6-31G* ab initio levels. The present computation shows that Efavirenz binds to HIV-1 RT predominantly through strong electrostatic interaction with the Lys101 residue. The small loss of binding to K103N mutant by Efavirenz can be attributed to a slightly weakened attractive interaction between the drug and Lys101 due to a conformational change of mutation. The small loss of binding to Y181C mutant by efavirenz can be attributed to the Glu698 residue moving closer to EFZ due to conformational change, which results in an increase of repulsive energy relative to the wild type (WT). The binding of efavirenz-derived DPC961 to HIV-1 RT is enhanced by an additional attractive interaction to residue Hid235 and reduced repulsion to Glu698, resulting in an increase of binding energy by about 4 kcal/mol.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».