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Enregistrement W2167270710 · doi:10.1099/ijs.0.035782-0

Planococcus halocryophilus sp. nov., an extreme sub-zero species from high Arctic permafrost

2011· article· en· W2167270710 sur OpenAlexafffundabout
Nadia Mykytczuk, Roland C. Wilhelm, Lyle G. Whyte

Notice bibliographique

RevueINTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Phylogenetic Studies
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Space AgencyAmes Research CenterNational Aeronautics and Space Administration
Mots-clésBiologyPhylogenetic tree16S ribosomal RNAStrain (injury)GenusBotanyExtremophilegenomic DNAHalotolerancePhylogeneticsMicrobiologyBacteriaThermophileDNAGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A novel aerobic, Gram-positive, motile, coccoid bacterial strain, designated Or1(T), was isolated from permafrost active-layer soil collected from the Canadian high Arctic. Strain Or1(T) was capable of growth over a broad temperature range, including sub-zero growth (below -10 to 37 °C), and at high salinity (0-19% NaCl), growing optimally at 25 °C, at pH 7.0-8.0 and in the presence of 2% NaCl. Its taxonomic and phylogenetic position was determined by using a polyphasic approach, which indicated that strain Or1(T) was a member of the genus Planococcus. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences showed that strain Or1(T) belonged to the genus Planococcus, differing by 0.4-3.6% from the type strains of all recognized Planococcus species, and was related most closely to Planococcus antarcticus CMS 26or(T) (98.8% similarity) and Planococcus donghaensis JH1(T) (99.6%). However, DNA-DNA hybridization experiments showed that strain Or1(T) had low genomic relatedness to Planococcus antarcticus CMS 26or(T) (18%) and Planococcus donghaensis JH1(T) (46%). The major menaquinones of strain Or1(T) were MK-7 (55%), MK-8 (36%) and MK-6 (9%) and the major fatty acids were anteiso-C(15:0), C(16:1)ω7c alcohol and anteiso-C(17:0). The DNA G+C content of strain Or1(T) was 40.5 mol%. Differential phenotypic, phylogenetic and genomic data suggest that strain Or1(T) represents a novel species of the genus Planococcus, for which the name Planococcus halocryophilus sp. nov. is proposed. The type strain is Or1(T) ( = DSM 24743(T) = JCM 17719(T)).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,900
Score d'incertitude au seuil0,588

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,215
Écart entre enseignants0,186 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations86
Publié2011
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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