Genomic Comparison of PE and PPE Genes in the<i>Mycobacterium avium</i>Complex
Notice bibliographique
Résumé
The Mycobacterium avium complex (MAC) comprises genomically similar but phenotypically divergent bacteria that inhabit diverse environments and that cause disease in different hosts. In this study, a whole-genome approach was used to examine the polymorphic PE (Pro-Glu) and PPE (Pro-Pro-Glu) gene families, implicated in immunostimulation and virulence. The four major groups of MAC organisms were examined, including the newly sequenced type strains of M. intracellulare and M. avium subsp. avium, plus M. avium subsp. paratuberculosis and M. avium subsp. hominissuis, for the purpose of finding genetic differences that could be exploited to design diagnostic tests specific to these groups and that could help explain their divergence in pathogenesis and host specificity. Unique and missing PPE genes were found in all MAC members except M. avium subsp. avium. Only M. intracellulare had a unique PE gene. Apart from this, most PE and PPE sequences were conserved, with average nucleotide sequence identities of 99.1 and 98.1%, respectively, among the M. avium subspecies, but only 82.9 and 79.7% identities with the PE and PPE sequences of M. intracellulare, respectively. A detailed analysis of the amino acid sequences was performed between M. avium subsp. paratuberculosis and M. avium subsp. hominissuis. Most differences were detected in the PPE proteins, with amino acid substitutions and frame shifts leading to unique amino acid sequences. In conclusion, several unique PPE proteins were identified in MAC organisms next to numerous polymorphisms in both the PE and PPE gene families. These substantial differences could help explain the divergence in phenotypes within the MAC and could lead to diagnostic tests with better discriminatory abilities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».