Plant Defense Responses in Opium Poppy Cell Cultures Revealed by Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry Proteomics
Notice bibliographique
Résumé
Opium poppy (Papaver somniferum) produces a diverse array of bioactive benzylisoquinoline alkaloids, including the narcotic analgesic morphine and the antimicrobial agent sanguinarine. In contrast to the plant, cell cultures of opium poppy do not accumulate alkaloids constitutively but produce sanguinarine in response to treatment with certain fungal-derived elicitors. The induction of sanguinarine biosynthesis provides a model platform to characterize the regulation of benzylisoquinoline alkaloid pathways and other defense responses. Proteome analysis of elicitor-treated opium poppy cell cultures by two-dimensional denaturing-polyacrylamide gel electrophoresis coupled with liquid chromatography-tandem mass spectrometry facilitated the identification of 219 of 340 protein spots based on peptide fragment fingerprint searches of a combination of databases. Of the 219 hits, 129 were identified through pre-existing plant proteome databases, 63 were identified by matching predicted translation products in opium poppy-expressed sequence tag databases, and the remainder shared evidence from both databases. Metabolic enzymes represented the largest category of proteins and included S-adenosylmethionine synthetase, several glycolytic, and a nearly complete set of tricarboxylic acid cycle enzymes, one alkaloid, and several other secondary metabolic enzymes. The abundance of chaperones, heat shock proteins, protein degradation factors, and pathogenesis-related proteins provided a comprehensive proteomics view on the coordination of plant defense responses. Qualitative comparison of protein abundance in control and elicitor-treated cell cultures allowed the separation of induced and constitutive or suppressed proteins. DNA microarrays were used to corroborate increases in protein abundance with a corresponding induction in cognate transcript levels.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».