Pattern and Rate of Indel Evolution Inferred from Whole Chloroplast Intergenic Regions in Sugarcane, Maize and Rice
Notice bibliographique
Résumé
Microstructural changes such as insertions and deletions (=indels) are a major driving force in the evolution of non-coding DNA sequences. To better understand the mechanisms by which indel mutations arise, as well as the molecular evolution of non-coding regions, the number and pattern of indels and nucleotide substitutions were compared in the whole chloroplast genomes. Comparisons were made for a total of over 38 kb non-coding DNA sequences from 126 intergenic regions in two data sets representing species with different divergence times: sugarcane and maize and Oryza sativa var. indica and japonica. The main findings of this study are: (i) Approximately half of all indels are single nucleotide indels. This observation agrees with previous studies in various organisms. (ii) The distribution and number of indels was different between two data sets, and different patterns were observed for tandem repeat and non-repeat indels. (iii) Distribution pattern of tandem repeat indels showed statistically significant bias towards A/T-rich. (iv) The rate of indel mutation was estimated to be approximately 0.8 +/- 0.04 x 10(-9) per site per year, which was similar to previous estimates in other organisms. (v) The frequencies of nucleotide substitutions and indels were significantly lower in inverted repeat (IR).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».