Development of a 2‐D apoB peptide profile to detect conformational changes associated with apoB‐containing lipoproteins
Notice bibliographique
Résumé
PTMs, such as glycosylation and phosphorylation of apolipoprotein B100 (apoB), are known to be involved with modulating the metabolism of apoB-containing lipoproteins. Current evidence suggests that intracellular and extracellular PTM of apoB are associated with various disorders such diabetes, dyslipidemia and atherosclerosis. The ability to identify and characterize the specific PTM of apoB correlating to specific pathologies may improve our understanding of the underlying molecular mechanisms regulating apoB metabolism. We have developed an assay to detect PTM and/or conformational changes in apoB isolated from the media of HepG2 cells. Using trypsin digestion in conjunction with 2-DE and Western blotting, a 2-D peptide fragment profile of apoB was established. The 2-D apoB profile was composed of a number of trypsin-generated fragments having a molecular mass between 10 and 188 kDa and a wide spectrum of isoelectric points. The 2-D apoB profile obtained from the media of HepG2 cells treated in the presence of agents (tunicamycin and glucosamine) known to modulate the PTM of apoB was distinct from that of control cells. Identifying changes in the 2-D apoB profile has the potential to not only provide insight into the underlying mechanisms regulating the metabolism of apoB-containing lipoproteins but may also have important implications for the development of novel diagnostic tools and/or future therapeutic agents.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».