Quantitative analysis of nucleoside transporter and metabolism gene expression in chronic lymphocytic leukemia (CLL): identification of fludarabine-sensitive and -insensitive populations
Notice bibliographique
Résumé
Resistance to fludarabine is observed in the clinic, and molecular predictive assays for benefit from chemotherapy are required. Our objective was to determine if expression of nucleoside transport and metabolism genes was associated with response to fludarabine therapy in patients with chronic lymphocytic leukemia (CLL). CLL cells from 56 patients were collected prior to treatment with fludarabine. Quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) was performed on sample RNA to determine the relative levels of mRNA of 3 nucleoside transporters that mediate fludarabine uptake (human equilibrative nucleoside transporter 1 [hENT1], human equilibrative nucleoside transporter 2 [hENT2], and human concentrative nucleoside transporter 3 [hCNT3]), deoxycytidine kinase (dCK), and 3 5'-nucleotidases (ecto-5'nucleotidase [CD73], deoxynucleotidase-1 [dNT-1], and cytoplasmic high-Km 5-nucleotidase [CN-II]). Two-dimensional hierarchical cluster analysis of gene expression identified 2 distinct populations of CLL. Cluster 2 patients experienced a 3.4-fold higher risk of disease progression than cluster 1 patients (P = .0058, log-rank analysis). Furthermore, independent analysis of the individual genes of interest revealed statistically significant differences for risk of disease progression (adjusted hazard ratios [HRs]) with underexpression of dNT-1 (HR = 0.45; P = .042), CD73 (HR = 0.40; P = .022), and dCK (HR = 0.0.48; P = .035), and overexpression of hCNT3 (HR = 4.7; P = .0007) genes. Subjects with elevated hCNT3 expression experienced a lower complete response rate to fludarabine therapy (11% vs 69%; P = .002). No hCNT3-mediated plasma membrane nucleoside transport was detected in CLL samples expressing hCNT3 message, and hCNT3 protein was localized to the cytoplasm with immunohistochemical and confocal microscopy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».